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La  eficacia  de  los  desinfectantes  también  varía  en  función  de  las condiciones en las que son utilizados: temperatura, humedad ambiental, grado   de  limpieza  de  la  superficie  a  desinfectar,  dureza  del  agua (contenido  en  carbonato  cálcico),  modo  de  aplicación,  concentración empleada, carga microbicida, sensibilidad o resistencia de los gérmenes a ese  desinfectante,  presencia  de  restos  de  materia  orgánica,  jabones, detergentes u otros desinfectantes, tipo de superficie a desinfectar (lisa, desigual, porosa).

- Tiempo de  acción:

Cuando las  bacterias  se  ponen  a  una  concentración específica  del  agente  bactericida, aun en exceso, no todos  los  microorganismos  mueren  al  mismo  tiempo sino que más bien se produce una disminución gradual en  el  número  de  células  viables.  Habitualmente  se considera que la desinfección es un proceso en el curso de  un  periodo   razonable  de  tiempo,  pero  existen diferentes opiniones sobre cual debería ser este tiempo.

- Temperatura:

La  destrucción  de  las  bacterias  por  los  agentes químicos   aumenta   junto   con   la   temperatura.   A temperaturas bajas por cada 10 ºC de incremento de la temperatura se produce una duplicación del índice germicida. En el caso de algunos agentes, como el fenol, el índice se incrementa de 5 a 8 veces, lo que
sugiere una reacción más compleja y la partición de factores adicionales.

- Humedad:

Interviene para los germicidas en fase de vapor.

- pH

La concentración del ión hidrógeno influye sobre la acción bactericida al afectar tanto al microorganismo como al agente químico.
Cuando  las  bacterias  están  suspendidas  en  un medio de cultivo de pH 7, tiene una carga negativa. Un  aumento  del  pH  aumenta  la  carga  y  puede alterar    la    concentración   efectiva   del   agente químico sobre la superficie de la célula.

El pH también determina el grado de ionización del producto químico. En general la forma no ionizada de  un  agente  disociable  pasa    a  través  de  la membrana celular con mayor facilidad que las formas iónicas relativamente inactivas.

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